Un écosystème correspond à une communauté (les êtres vivants) et au milieu (l'ensemble des éléments non vivants) dans lequel la communauté évolue et avec lequel elle interagit.
La dynamique des écosystèmes étudie les échanges de matière et d'énergie entre une communauté et son milieu.
La taille des écosystèmes est variable. Il peut aussi bien s'agir d'un biome aquatique ou terrestre, comme on peut aussi considérer une simple flaque d'eau comme un petit écosystème. Peu importe sa taille, l'écosystème est un lieu où il y a transformation de la matière et de l'énergie. Les vivants peuplant un écosystème ont des relations alimentaires entre eux. On parlera des relations trophiques dans ce cas.
Aussi, on peut se concentrer sur la transformation de l'énergie et de la matière en étudiant les flux de matière et d'énergie qui circulent d'un organisme à un autre. La matière est toujours recyclée dans un écosystème, et ce, grâce au recyclage chimique effectué par les décomposeurs.
Finalement, la productivité primaire concerne la mise en circulation de nouvelle biomasse fournie par les producteurs présents dans l'écosystème.