Depuis leur arrivée, les Européens ont tout intérêt à fonder des alliances avec des Autochtones, car ces derniers connaissent très bien le territoire et ses ressources. Or, ces alliances, d'abord commerciales, amènent les Français à prendre aussi part à des conflits et à des guerres avec certaines nations autochtones.
Des alliances entre Français et Autochtones se forment dès 1603, à Tadoussac, lorsque Samuel de Champlain s'allie avec les Montagnais (les Innus), les Malécites (les Etchemins) et les Algonquins.
Puis, en 1609, Champlain s'allie avec les Hurons, des partenaires importants pour le commerce des fourrures. En effet, la Huronie est déjà, à l'arrivée des Français, au centre d'un important réseau d'échange autochtone. En créant une alliance avec les Hurons, les Français acceptent également de les soutenir militairement contre leurs traditionnels ennemis : les Iroquois de la Ligue des Cinq-Nations qui, eux, commercent avec les Hollandais.
Le contrôle du commerce des fourrures est au cœur des conflits opposant les Français et leurs alliés aux Iroquois. En effet, les Iroquois veulent, eux aussi, avoir le plus de fourrures à échanger avec leurs alliés, les Hollandais, contre des produits européens. En 1609, les Français et leurs alliés autochtones livrent leur première bataille contre les Iroquois.
Défaite des Iroquois au lac Champlain, en 1609
Pendant plusieurs années, les attaques de la Confédération iroquoise font rage alors que les Français, plutôt que de combattre, tentent d'établir des accords de paix et de sécuriser la colonie.
Dès 1641, le conflit s'envenime et, de 1648 à 1650, les Iroquois attaquent l'Huronie. Les Hurons, affaiblis par les épidémies et les guerres entre les clans, ne peuvent pas résister aux attaques de l'ennemi. De plus, alors que la Hollande fournit des armes à feu aux Iroquois, les Hurons, eux, en possèdent très peu, car les Français refusent de leur en faire commerce. Plusieurs Hurons et jésuites sont tués et la Huronie est détruite.
Après une période de trêve, de 1653 à 1658, les Iroquois redeviennent, en 1660, une menace pour les établissements français et pour les nations autochtones alliées avec les Français.
À la fin de la décennie 1680, les Iroquois, alors alliés des Anglais, attaquent de plus belle les établissements français en lançant plusieurs raids. Ces raids, qui sont des attaques éclair, représentent une menace constante pour les colons français. De plus, les Iroquois tentent de renverser l'alliance des Français avec les nations autochtones des Pays d'en Haut. Cette alliance renversée, les Iroquois pourraient alors obtenir plus de fourrures à échanger avec les Anglais, qui sont les concurrents commerciaux des Français.
Or, en 1697, les Français et les Anglais font la paix. Les Iroquois n'ont donc plus le soutien des Anglais pour combattre les Français, en plus d'être affaiblis par la guerre et les épidémies. Les guerres iroquoises prennent fin avec la Grande Paix de Montréal, en 1701. Ce traité de paix, signé à Montréal, rassemble une quarantaine de nations autochtones.