Très influente en France, l'Église catholique l'est tout autant dans la colonie, qui est peuplée de colons catholiques. En effet, l'Église joue un rôle important en ce qui a trait à l'administration de la colonie et à l'encadrement des colons.
En Nouvelle-France, le dirigeant de l'Église est l'évêque. Ce dernier est nommé par le roi de France avec l'accord du pape. Le clergé séculier (curés de paroisse) et le clergé régulier (communautés religieuses, ce qui exclut les Jésuites) sont sous son autorité. L'évêque est également très influent auprès des administrateurs de la colonie. Il fait d'ailleurs partie du Conseil souverain, tout comme le gouverneur et l'intendant.
Monseigneur François de Laval, premier évêque de Nouvelle-France
L'Église doit encadrer la vie spirituelle des colons. Pour ce faire, l'évêque divise le territoire en paroisses. Si la paroisse est suffisamment peuplée, une église y est construite. Chaque paroisse est sous la responsabilité d'un curé. Ce curé s'occupe des rites religieux qui ponctuent la vie spirituelle des croyants tels que les messes, les baptêmes, les mariages et les funérailles.
L'église de Sainte-Anne en 1829, par James Pattison Cockburn
L'Église joue également un rôle important dans la vie sociale des colons. En effet, le calendrier est ponctué de restrictions religieuses imposées aux croyants (interdiction de travailler le dimanche, interdiction de manger de la viande durant le Carême, etc.). Certains évènements sociaux sont également interdits par les dirigeants de l'Église, par exemple les soirées dansantes. Pour sa part, la messe du dimanche demeure un moment de socialisation important pour les colons. De son côté, le curé profite de cette occasion de grand rassemblement pour transmettre les messages et les directives des autorités de la colonie à ses habitants.
Plusieurs communautés religieuses arrivent en Nouvelle-France dès le 17e siècle, dont les Récollets, les Jésuites, les Augustines, les Hospitalières et les Ursulines. Ces communautés ont, comme principales préoccupations, l'évangélisation des Autochtones, l'éducation et les soins de santé.
Les communautés religieuses sont composées d'hommes ou de femmes qui consacrent leur vie à Dieu et qui ont un objectif en commun, par exemple le soin des malades.
Les communautés religieuses sont à l'origine de l'existence des premiers hôpitaux et des premiers établissements d'enseignement dans la colonie. En 1635, les Jésuites fondent le collège des Jésuites, premier établissement d'enseignement pour garçons de la colonie.
Vue du collège des Jésuites en 1761
En 1639, les Augustines fondent le premier hôpital de Nouvelle-France, l'Hôtel-Dieu de Québec, et les Ursulines fondent un couvent qui contribuera à l'enseignement des jeunes filles autochtones et françaises.
Religieuses enseignant à des jeunes filles